初代变蝇人的儿子长大成人，他继承了父亲的超凡智慧，也继承了那个不稳定的“蝇”之基因，这次他要“进化”的是全人类。
距离前作事件已过去30年。初代变蝇人马丁·布朗的儿子——马丁·布朗二世（小马）被秘密科研组织抚养长大，他继承了父亲超群的遗传学天赋，却也被植入了“憎恨普通人类”的思想。小马认为父亲的悲剧不是科学的错，而是人类的肉体太脆弱。他秘密改进了父亲的传送/基因融合装置，不再将人与蝇融合，而是研发出一种“基因补全剂”，可以将任意物种的优点（如鹰的视力、鲨鱼的免疫、植物的再生）写入人类DNA。他在贫民窟进行人体实验，创造出一个个超越人类的“新物种”。但当政府派出特种部队围剿时，小马才惊恐地发现，他的“补全剂”有一个致命的副作用：所有被改造的生物，在48小时后都会无可逆转地“蝇化”。而他自己，早在10年前，就已经是第一针实验品。
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